3D粗糙度重建系統使Phenom 電子顯微鏡能夠建立樣品3D圖像以及亞微米粗糙度量測。一般的2D影像很難辨識凹痕、刮痕和毛刺，透過3D粗糙度重建系統能夠使更多使用者觀察到這些特徵。
量測平均粗糙度(Ra)和粗糙高度(Rz)在控管產品生產過程是非常重要的一環，相比使用傳統(間接)量測方法，由電子顯微鏡的3D粗糙度重建系統能獲得更多更好的樣品解析資訊。

元素分析線面掃描系統是EID軟體中的選配項，能夠顯示出樣品的元素分布情形。使用者可以針對某個點自行設定像素分辨率與擷取時間後進行元素分析。即時掃描功能將立即顯示所選定區域每個點的元素含量與分布情形，在掃描過程中或是結束後都可以新增或是移除自選的元素設定。
元素分析線面掃描系統可以是完整的圖像，也可以自選特定範圍，相較之下更節省時間。也可自選一條線做線的元素分析。
設置好掃描像素數、每個點的停留時間以及循環次數後即可輕鬆的導出完整報告。